/\%c
- это совпадение с нулевой шириной .
Вам необходимо сопоставить что-то вроде:
/\v^(.).(.).(.)...
, в котором будут храниться значения столбцов1, 3 и 5 в группах.
Затем вы можете заменить:
:%s!\v^(.).(.).(.)...!\1 \2 \3 !
... сохраняя столбцы 1, 3 и 5, но заменяя оставшиеся первые восемь столбцов напространства.