Спасибо за ваши ответы. Я вспомнил, что в Apache, CodeIgniter & GIT все по сути настраиваемо, и мне не нужно использовать настройки по умолчанию. Поэтому, чтобы обойти эту проблему, я просто переместил системную папку CI в папку приложения, переименовал папку приложения в «back-end», создал папку с именем «front-end» и переместил туда index.php, переместил «back-end» и 'front-end' в '/ data / myapp', обновленный index.php CI, чтобы он указывал на папки приложения и системы соответственно ('../back-end' и '../back-end/system' соответственно) обновил хук после обновления в главном / центральном репозитории GIT для выпуска кода в '/ data / myapp', обновил конфигурацию Apache на главном сервере dev для использования '/ data / myapp / front-end' в качестве корня документа (вместо этого по умолчанию «/ var / www») и создал виртуальный хост каждого разработчика в Apache для использования «home / USERNAME / www / myapp / front-end /» в качестве корня документа (своей рабочей локальной копии). Разработчики могут легко протестировать свой рабочий код, и их файл index.php не испортит файл index.php главного сервера разработки, поскольку теперь все относительно и вместе.
Я знаю, что мог бы сделать ловушку, чтобы игнорировать index.php (так как его содержание почти никогда не нужно менять) при коммите или push, и это было бы намного проще, но мне нужно было лучше организовать структуру каталогов CI / приложение и Apache в любом случае.
Еще раз спасибо, ребята!