Это не имеет ничего общего с .NET. Каждое приложение, если оно создано для 64-разрядного процессора, занимает больше памяти, чем для 32-разрядного процессора.
Если вы можете придумать, как сжать 64-битную информацию в 32-битный регистр, я уверен, что мы все хотели бы услышать, как это сделать.