Я думаю, что большинство SCM будет использовать увеличивающееся число для отслеживаемого элемента. Например, Vault поддерживает как управление версиями файлов, так и папок, поэтому у каждого файла есть (инкрементный) номер версии, а у содержащей его папки - один.
Распределенный SCM не может использовать инкрементные числа, поэтому они будут использовать хэши, уникальные идентификаторы или что-то еще ...