Взято из документов на http://docs.joomla.org/Adding_JavaScript
Есть два способа включить файл JavaScript с помощью Joomla API.
<?php
$document = &JFactory::getDocument();
$document->addScript('/media/system/js/sample.js');
?>
или
<?php
// Add the path parameter if the path is different than 'media/system/js/'
JHTML::script('sample.js', 'templates/custom/js/');
?>
Настоятельно рекомендуется использовать эти методы, поскольку они четко отличают другой язык сценариев (JavaScript) от основного кода PHP, гарантируют, что весь JavaScript правильно встроен между тегами, и, в случае JDocument :: addScript и JHTML :: script, гарантируют что файл JavaScript включен только один раз (т. е. нет дублирования файла .js).