Все, что вам нужно сделать, это приостановить и возобновить сам дочерний процесс ffmpeg.
Основная проблема: отсутствует функция API SuspendProcess.И нет никакого документированного или безопасного способа сделать это.
Единственный простой способ сделать это - через SuspendThread / ResumeThread.
См. эту статью о проекте кода о том, каксделать это.