В ответе @ acond отсутствует строка. Я думаю, что нужно Allow
:
<Directory /var/www/denied_directory>
order deny,allow
Deny from All
<Files safefile.php>
order deny,allow
Allow from All
</Files>
Поскольку в каждой директиве есть только одно правило, я подозреваю, что строки order
могут быть неактуальными. Хотя, возможно, требуется самое внешнее, потому что существует более одного вложенного правила. (Я новичок в конфигурации Apache)