У вас по-прежнему нет ответа, поэтому я попробую:
Если вы выполняете транзакцию MYSQL во время этого обновления, посмотрите на свой скрипт, тогда таблицы могут быть заблокированы.
Если это не транзакция, это проблема производительности:
Предложение для ее решения: для ее решения не следует обновлять всю базу данных за один раз и выполнять большое количество запросов, затем перезагрузить страницу php и выполнитьи x количество запросов снова, пока обновление не будет полностью выполнено.