Я вижу несколько вариантов выполнения части из того, что вы просите:
По сути, вы предоставляете доступ к соответствующим частям ваших приложений (веб и настольный компьютер) через какой-то API и используете его для связи - например,БД и / или WCF (SOAP / REST / что угодно).
ВНИМАНИЕ:
Если вам нужна какая-то прямая / интерактивная связь между обоими приложениями на одном компьютере, то это не будетвозможно - по крайней мере, без некоторых проблем, связанных с безопасностью.
Браузер запускает ваше веб-приложение в изолированной программной среде, которая не допускает прямой связи между веб-приложением и рабочим столом ... существуют технологии, которые могутпомогите обойти это (ActiveX, подписанные Java-апплеты, некоторые технологии Flash, называемые AIR и т.любые такие меры ...
Если вы действительно хотите пойти по этому пути, то, пожалуйста, опишите вашу среду и цельс гораздо большей детализацией.