Не знаю, о каком «заголовке» вы говорите, но с точки зрения безопасности единственное, на что вы действительно должны обратить внимание - это расширение файла .
Просто потому, что ваш веб-сервер будет судить ваш файл по нему.
Чтобы проверить, является ли загруженный файл действительными данными для какого-то конкретного приложения, вы должны использовать эту специальную подпрограмму, в PHP нет универсального инструмента.
Вы можете использовать imagemagick для изображений, getid3 для mp3-файлов, fffmpeg для фильмов и т. д.
Но, конечно, должен использоваться весь файл, проверка только "заголовка" не гарантирует, что весь файл действителен.