Свойство QueryString объекта HttpRequest представляет собой коллекцию NameValueCollection, к которой необходимо добавить «000» для элемента в коллекции. Я использовал PedLeft из вопроса, связанного с @Davide Paris
if (Request.QueryString["Num"] != null)
{
string num = Request.QueryString["Num"];
Request.QueryString["Num"] = num.PadLeft((num.Length + 3), '0');
}