Просто нет ограничения внешнего ключа или вообще ничего не ссылается на идентификатор?
Если ограничения просто нет, то это не имеет значения, JPA не волнует, есть ограничение или нет,просто используйте столбец, который ссылается на идентификатор.
Если ничто не ссылается на идентификатор, то вы не можете иметь отношения ни с чем, чтобы сохранить его.Если вы не можете изменить таблицу, то, возможно, вы можете добавить новую таблицу, которая определяет соединение между двумя таблицами (аналогично многим ко многим, но JPA также позволяет использовать таблицу соединений для одного к одному).