Не могли бы вы сделать что-то вроде:
SELECT
number,
count(id)
FROM
tracking
WHERE
splitnr = 'a11' AND number > 0 AND timestamp >= '2009-04-08 00:00:00' AND timestamp <= '2009-04-08 12:55:57'
GROUP BY
number
ORDER BY
number DESC
LIMIT 0,1
(кстати, я не знаю MySQL)
Я предполагаю, что это вернет вам тот же набор результатов, вы упорядочите его по номеру desc, потому что вам нужен максимальный, верно? Затем вы можете вставить предложение WHERE и ограничить его одним, чтобы дать вам первое, которое по сути совпадает с MAX (я думаю) Таким образом, удалив JOIN в целом.
РЕДАКТИРОВАТЬ : Я не думал, что вам понадобится идентификатор GROUP BY либо