На вкладке Аннотации есть выбор точки останова.
Инструменты -> Параметры -> Шрифты и цвета -> Вкладка Аннотации -> Точка останова
Изменить цвет фона этого.
Edit:
Измените также все категории счетчика текущих программ, все они будут встречаться в различных сценариях.