К сожалению, я уверен, что это невозможно, вот аналогичный вопрос, касающийся изменения значений различных настроек в файле info.plist.
https://stackoverflow.com/a/1430351/879741
Лучшее, что вы могли бы сделать, я думаю, это не позволить незарегистрированному пользователю просматривать и взаимодействовать с файлами, которые передаются в приложении. Остановить незарегистрированный пользователь от добавления / удаления файлов из iTunes было бы невозможно. Обмен файлами либо выключен, либо включен.