Скомпилируйте с помощью cc -E, которая выдаст вывод препроцессора. Сканируйте это на наличие структурной статистики; # filename lineno
строки, испускаемые препроцессором, сообщат вам, где происходит определение.
=== edit ===
Еще лучше:
Компиляция
#include <sys/stat.h>
struct stat {};
производит сообщения
foo.c:3:8: error: redefinition of ‘struct stat’
/usr/include/bits/stat.h:43:8: note: originally defined here
Который точно говорит, где происходит столкновение. Держу пари, что вы получаете похожие сообщения и просто пропустили это.