Я понимаю, что это может не совсем решить вашу проблему, но это может быть сделано, если вы связываете свои объекты через контейнер IOC или если у вас есть единственная точка, где вы создаете сеанс.
Как я справился с этим при активации ISession. Я включил фильтр по умолчанию (используя Autofac):
builder.RegisterAdapter<ISessionFactory, ISession>(factory => factory.OpenSession())
.InstancePerHttpRequest()
.OnActivated(activatedArgs =>
{
var session = activatedArgs.Instance;
session.EnableFilter(MyCustomFilter.Name);
session.BeginTransaction();
});