Это должно сильно зависеть от того, используете ли вы WebForms или ASP.NET MVC.
Ajax Control Toolkit и ASP.NET AJAX очень активно ретранслируют функции на стороне сервера и очень хорошо интегрируются с WebForms. Это лучше для разработчиков, которым необходимо быстро и продуктивно создавать приложения, не заботясь о производительности и точных функциях AJAX. Это более «готовая» или быстрая модель разработки. Настройка AJAX может быть очень сложной.
jQuery и пользовательский интерфейс jQuery намного лучше подходят для инфраструктуры MVC. Это лучше для больших и более сложных приложений, где производительность и точная функциональность AJAX имеют большое значение. Эта модель намного лучше подходит для качественных приложений. Хотя есть некоторая кривая обучения, и она требует более высокой степени знания HTML, CSS и JavaScript.
Хотя, на мой взгляд, MVC & jQuery / jQueryUI - это гораздо лучший выбор в большинстве случаев. Как только вы пройдете курс обучения для них, вам не понравится возвращаться к WebForms.