Если это программа, которая изменяет местоположение файла, то вы можете сохранить текущее местоположение в реестре, в файле конфигурации приложения, в базе данных или в текстовом файле в известном каталоге рядом с применение.
Обычно я храню эту информацию в реестре или базе данных (при условии, что она используется приложением), так как это переживет события удаления и повторной установки.