Вы не можете привязать параметр для предложения IN таким образом. Строка $ myArray будет считаться только как одно значение, как если бы вы сделали это:
SELECT foo FROM bar WHERE ids IN ('1,2,3')
Даже при наличии трех значений, разделенных запятыми, база данных считывает их как одно строковое значение.
Вам нужно вручную вставить список IN в запрос, как в старой школе.
'SELECT foo FROM bar WHERE ids IN (' . $myArray .')'
К сожалению, другого пути нет. По крайней мере, пока.