Для отладки через eclipse вы должны запустить tomcat в режиме отладки.
Поэтому прежде всего установите следующие параметры в файле catlina в bin как
set JPDA_TRANSPORT = dt_socket
установить JPDA_ADDRESS = 5050
Затем запустите сервер tomcat, используя одну из следующих команд из соответствующего каталога
.. \ jakarta-tomcat-5.5.7 \ bin> catalina jpda run
...или же...
.. \ jakarta-tomcat-5.5.7 \ bin> catalina jpda start
Я использую "jakarta-tomcat-5.5.7".
Затем выполните 2 затмения и настройте режим отладки
в левой вкладке выберите удаленное Java-приложение, затем выберите соответствующий проект и настройте свойства подключения.
Теперь вы можете отлаживать.