Существует последовательность действий в установщике Windows. В руководстве по WiX есть хороший раздел о событиях (и в любом случае это отличный ресурс).
Типичным примером запуска чего-либо после InstallFinalize является запуск установленного приложения.
<InstallExecuteSequence>
<Custom Action='LaunchFile' After='InstallFinalize'>NOT Installed</Custom>
</InstallExecuteSequence>