Я столкнулся с подобной проблемой. В настройках для создания приложения (в Flash Builder -> Project -> properties) необходимо добавить -static-link-runtime-shared-libraries=true в качестве аргумента CLI.
Это дает указание предоставить несколько библиотек для статического связывания и может увеличить размер вашего swf, но вызов fpdownload.adobe.com/crossdomain.xml прекратится.