InnoDB использует общее табличное пространство. Это означает, что по умолчанию все таблицы независимо от базы данных хранятся в одном файле в файловой системе. Это отличается от, например, MyISAM, в котором каждая таблица хранится в одном файле.
Поведение InnoDB можно изменить, хотя я не думаю, что это действительно необходимо в этом случае. См. Использование табличных пространств для таблиц .
Возможно, служебная информация - это пространство, оставленное удаленными строками, и InnoDB будет использовать его при вставке новых данных. Это не о чем беспокоиться.