После некоторого расследования мы решили эту проблему:
queue.setBooleanProperty(WMQConstants.WMQ_MQMD_WRITE_ENABLED, true);
queue.setBooleanProperty(WMQConstants.WMQ_MQMD_READ_ENABLED, true);
queue.setIntProperty(WMQConstants.WMQ_MQMD_MESSAGE_CONTEXT, WMQConstants.WMQ_MDCTX_SET_ALL_CONTEXT);
...
message.setStringProperty(JmsConstants.JMS_IBM_MQMD_APPLIDENTITYDATA, "....");