Пожалуйста, добавьте при индексации файла
doc.add(new Field("contents", result, Field.Store.COMPRESS,
Field.Index.ANALYZED,
Field.TermVector.WITH_POSITIONS_OFFSETS));
здесь документ имеет тип org.apache.lucene.document.Document.
При поиске файла используйте com.java.search.HighlighterUtil.getFragmentsWithHighlightedTerms (анализатор анализатора, запрос Query, строковое fieldName, строковое fieldContents, int фрагментNumber, int фрагментSize) для фрагментов.