MySQL с механизмом хранения InnoDB использует многовариантность строк.Это означает, что есть изменения в базе данных, которые еще не были зафиксированы (и, возможно, будут отменены!).Если вы просто скопируете файлы, вы окажетесь в несогласованном состоянии.
Если вы используете MyISAM, копирование файлов безопасно.Репликация Hovewer будет передавать только изменения, в то время как копирование будет передавать всю базу данных каждый раз.Что не подходит для больших баз данных.