Вы можете использовать коллекцию IE.InternetExplorers.
Пример : Запишите URL-адреса всех открытых окон IE
foreach (IE currIE in IE.InternetExplorers())
{
Console.WriteLine("URL: " + currIE.Url);
}
Если у вас есть представление о том, каким должен быть URL-адрес, надеюсь, использование RegEx для поиска правильного экземпляра IE будет простым. Если вы не знаете, что такое URL-адрес всплывающего окна, вы можете создать список URL-адресов перед его открытием, открыть всплывающее окно и сравнить новый список со старым списком, чтобы выяснить недавно открытый URL-адрес.
Редактировать: Кроме того, когда вы знаете URL, вы будете использовать метод AttachTo для работы с вновь найденным окном. Подробнее здесь: http://watinandmore.blogspot.com/2010/01/browserattachto-and-iattachto.html
Выше NUnit и Watin 2.0.