Это из-за того, что он работает в режиме причуд (если вы нажмете F12 в IE, вы увидите, что «режим документа» по умолчанию имеет причуды).
Установите тип документа, например:
<!doctype html>
Дляубедитесь, что по умолчанию используется IE9 (или какая-либо другая версия)