Я не уверен, где находится файл db, но для создания службы Windows вы должны иметь возможность использовать C, C ++ или C # (или любой другой язык .Net).
Я считаю, что вы можете использовать библиотеку здесь для работы с SQLite.
Поскольку служба будет работать в фоновом режиме все время, просто убедитесь, что вы не используете и не теряете какие-либо ресурсы, в противном случае вы влияете на производительность всей машины.