Оказывается, у меня была проблема
У меня была структура каталогов, которая содержала «Источник»
такие как
/my/Path/To/**Source**/My/web/Project/Source/
Это запутало Intellij, что помешало ему правильно прочитать мою структуру каталогов. Из-за этого мой настоящий «исходный» каталог не был идентифицирован. Без моих файлов * .java, хранящихся в определенной «исходной» директории, Intellij не знал, как форматировать мои файлы. Я неправильно предположил, что Intellij будет знать просто по расширению файла.