Я использовал его и могу заверить, что protobuf-net работает хорошо. В частности, я использовал его для хранения данных в очереди, так как его ограничение составляет 8192 байта (ограничение на самом деле ниже, я думаю, что кодировка UTF8 ~ 6.3k). Все, что вам нужно, для хранения данных в BLOB и ссылки в очереди.
Что касается его использования для сериализации данных WCF, я уверен, что это будет работать, но у меня нет опыта в этом пространстве.