Вероятно, потому, что вы слишком быстро прокручиваете JQuery, чтобы вычислить все. Это, кажется, помогает:
$(window).scroll(function() {
var scrollTop = $(window).scrollTop();
$('#left').stop().animate({
top: (300 - (0.5 * scrollTop))
}, 350);
$('#right').stop().animate({
top: (300 - (0.2 * scrollTop))
}, 350);
});
Это кэширует значение scrollTop, а не пересчитывает, и пропускает (true, true) из функции stop.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Кроме того, избавьтесь от вызова #container css, просто сделайте его position: fixed
.