Смысл RJS в том, что вам на самом деле не нужно идти в ногу с фреймворком, чтобы функции javascript были абстрагированы в Ruby для использования.
Тем не менее, прототип по-прежнему является выбором по умолчанию, но есть плагины (http://ennerchi.com/projects/jrails) для реализации функций RJS в jQuery. Конечно, вы можете полностью отказаться от абстракций и написать javascript так, как вам нравится.
Лично я пытаюсь придерживаться стандартных методов Rails, и если мне нужен метод, который выходит за рамки того, что предоставляет RJS, убедившись, что я его правильно реализую (т.е. не дублирую то, что сделал кто-то другой), и обычно делают это в прототипе, чтобы не загружать несколько фреймворков JavaScript.