Вы используете преобразование Фурье для расчета кросс-корреляции;это так просто.
Заполнение выполняется по всем сторонам шаблона.Это связано с тем, что стандартное быстрое преобразование Фурье может работать только с размерами данных, равными 2 ^ n, поэтому размер вашего шаблона и изображения должен составлять 2 ^ n * 2 ^ n.Так как обычно это не так, размер шаблона изменяется в соответствии с этим требованием, заполняя снаружи нулями.Эти нули не влияют на вычисление БПФ.
Рассмотрите возможность использования фазовой корреляции, дополнительные усилия очень малы, и вы можете получить отличные результаты.