Если вы используете eclipse, вы можете щелкнуть правой кнопкой мыши по дереву пакетов и использовать опцию рефакторинга, чтобы быстро изменить пакет. В большинстве случаев это правильно обновляет манифест приложения для вас. Это «должно» устранить ошибку, с которой вы столкнулись, имея в виду, что теперь у вас будет две версии приложения, поэтому в ваших интересах изменить имя вашей пользовательской версии, чтобы вы могли легко различать эти две версии.