Из того, что вы говорите, у вас может быть несколько проблем, способствующих этой проблеме.
1) Файлы cookie PHP устанавливаются сервером при загрузке страницы, загрузка страницы не означает, что файлы cookie не установлены, если вы используете чистый JSON без загрузки страницы, то вы не сможете установить сеанс и вернуться это к браузеру.
2) Также следует помнить, что сеансы PHP по сути являются cookie-файлами, и применяются правила для файлов cookie, поэтому, если вы устанавливаете сеанс PHP на api.mydomain.com и ожидаете, что он будет работать на my.mydomain.com, он, вероятно, не будет Работа.
Вы можете найти жизнеспособное решение для обработки данных для входа и сеансов в нескольких поддоменах здесь
Я надеюсь, что это полезно для вас.