В вызове настраиваемого действия необходимо указать условие, когда они должны быть вызваны.
Пример:
<Custom Action="UpdateConfig" After="InstallFinalize">INSTALL_APPLICATION = "1"</Custom>
Здесь, как вы можете видеть, настраиваемое действие UpdateConfig будет вызываться после того, как все будет установлено, и если приложение было выбрано в качестве функции при установке.