Entity Framework время от времени запутывается. Что вам нужно сделать, это удалить таблицу сущностей из модели, затем переименовать таблицу в SQL Server в TableName_Temp, обновить модель, теперь таблица сущностей должна быть в порядке, поэтому удалите таблицу сущностей снова, переименуйте ее обратно в исходное имя и обновить модель еще раз. На этот раз все должно быть хорошо.
Я знаю, что это испорченная процедура, но это единственный способ, который я нашел, чтобы исправить эту проблему, не сдувая весь edmx и начиная с нуля. В настоящее время в моей организации мы придерживаемся политики не вносить изменения в EDMX, за исключением случаев, когда это абсолютно необходимо, чтобы мы могли без проблем удалять и воссоздавать при необходимости.
Надеюсь, это поможет!