Фактическая проблема заключалась в том, что приложение использует SSL с аутентификацией клиента, и существует странная проблема, когда при загрузке приложения в IE оно не заполняло определенный заголовок в HTTP-запросе, поэтому мне пришлось использовать собственный фильтр сервлета который вставил заголовок.