В detailViewController из SplitViewController я добавил следующий код, чтобы скрыть черную линию. Мой пользовательский заголовок имеет синий цвет и высоту 88 пикселей.
//blue line that covers the vertical black separator in the header
UIView *blueHeaderSplitViewSeparatorMask = [[UIView alloc] initWithFrame:CGRectMake(320, 0, 2, 88)];
[blueHeaderSplitViewSeparatorMask setBounds:CGRectMake(320, 0, 2, 88)];
[blueHeaderSplitViewSeparatorMask setBackgroundColor:[UIColor colorWithRed:0.0f/255.0f green:96.0f/255.0f blue:182.0f/255.0f alpha:1.0f]];
[self.view.superview addSubview:blueHeaderSplitViewSeparatorMask];