Matlab позволяет индексировать срезы. Например:
data(:,:,:,1:1000)
Я не вижу, как ты получаешь "непоследовательный". Там есть подсказка выбора на этикетке, но размеры не совпадают. Если они сделали:
data(:,:,:,label == 1)
или
data(:,:,:,find(label == 1))