Если вы хотите выйти из MSI, вам нужно отредактировать строку так:
C:\Windows\System32\msiexec.exe /i pitming.msi /passive /l*v %temp%\pitming.log
и вы, по крайней мере, выйдете из него.
Какую команду вы используете для запуска командного файла? Возможно, вам понадобится сделать команду post install:
C:\Windows\System32\cmd.exe /c mybatchfile.bat
Что касается setup.exe, то он, вероятно, имеет свои собственные параметры ведения журнала.