Вы направляетесь в правильном направлении.
Создать таблицу "system_user":
CREATE TABLE system_user (system_id INT NOT NULL, user_id INT NOT NULL);
Это не совсем сущность в смысле строгого реляционного моделирования, поэтому для нее не требуется первичный ключ. Однако вы можете добавить его, если этого требуют ваши сценарии.
Чтобы получить всех пользователей в системе, вы должны сделать запрос следующим образом:
SELECT u.* FROM user u, system_user su WHERE su.system_id = ?
Чтобы получить доступ ко всем системам, к которым может обратиться пользователь, вы должны сделать запрос:
SELECT s.* FROM system s, system_user su WHERE u.user_id = ?
Надеюсь, это поможет!