Вам потребуется реализовать свой собственный тип маркеров и, возможно, связать аннотации с ними. Затем вы можете связать редактор Java с аннотациями, чтобы показать их. Ваше приложение будет генерировать маркеры.
В частности, вы можете начать читать о org.eclipse.core.resources.marker
точке расширения и IResource.createMarker()
для создания маркеров.