Вы должны иметь возможность создать подкласс closeEvent вашего окна, вызвать вашу функцию и затем принять событие.
def closeEvent(self, event):
kill_zombies()
event.accept()
Было бы хорошо, если вы обновите пользователя,Процесс очистки продолжается, если он займет несколько секунд.Некоторые пользователи плохо реагируют на кнопку закрытия, которая не закрывается сразу и просто убьет ваше приложение до того, как зомби будут убиты.