Ваш скрипт немного неловкий (вы переопределили чистую цель, чтобы сделать то же самое, что и базовая чистая цель).
Я почти уверен, что ваша проблема исходит от CopyWebApplication, которая делает много вещей в соответствии со свойствами, установленными в вашем файле проекта, и передается из командной строки.
Можете ли вы попробовать следующий скрипт:
<Project DefaultTargets="Compile" xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003">
<Target Name="Compile">
<MSBuild
Projects="test.vbproj"
Targets="Clean;Build"
Properties="OutputPath=C:\tmp"/>
</Target>
</Project>
если ваш тестовый проект является веб-сайтом, то цель сборки должна создать его в папке, указанной в свойстве OutputPath / OutDir