Я не верю, что функциональность существует в Aptana как таковой. Однако есть плагин Eclipse под названием Mylyn, который, по сути, делает то, что вам нужно. Mylyn (http://www.eclipse.org/mylyn/) - это плагин управления задачами, и одна из его лучших функций - возможность создавать контексты для задач, где контекст - это набор файлов и папок, к которым вы обращаетесь или используете для этой конкретной задачи.
Предположим, что в Проекте A вы создаете задачу под названием «Включить аутентификацию пользователя» (то есть создаете причудливый компонент входа в систему). После создания вы можете активировать эту задачу, а затем назначить / выбрать столько файлов и папок, сколько пожелаете. Всякий раз, когда вы переключаетесь на выполнение этой задачи, в представлении Project Explorer в Eclipse / Aptana будут отображаться только файлы и папки, связанные с этой задачей. Файлы и папки, назначенные для задачи, называются «контекстом» в Mylyn ... вот ссылка на руководство пользователя: http://wiki.eclipse.org/index.php/Mylyn/User_Guide.
Извините, если мой ответ нестабилен ... сейчас рано, в Скалистых горах :). Тем не менее, проверьте Mylyn (или другие плагины управления задачами для Eclipse / Aptana). Я думаю, что это даст вам то, что вам, в основном, нужно и поможет вашему рабочему процессу!