Ответ
@ user478681 у меня не сработал из-за пропущенного шага по разархивированию и архивированию файла ipa.
Я нашел сайт с этими шагами.
Короче говоря:
unzip app.ipa
/usr/libexec/PlistBuddy -c "Set :CFBundleIdentifier newidentifier" Payload/MyApp.app/Info.plist
zip -qr ResignedApp.ipa Payload
Если вам нужно оставить приложение закрытым, следуйте инструкциям на вышеупомянутом сайте.