Может быть, это не элегантно, но эффективно.
<script type="text/javascript">
function fade1() {
$('#div1').delay(2000).fadeIn(2000).fadeOut(2000).delay(2000);
}
function fade2() {
$('#div2').delay(2000).fadeIn(2000).fadeOut(2000).delay(2000);
}
function fade0() {
$('#div2').fadeOut(0);
$('#div2').delay(2000);
}
setInterval('fade1()', 1);
setInterval('fade2()', 1);
</script>
<body onload="fade0(); fade1(); fade2();">